Het bestuur van de Stichting Museum Elburg komt tenminste zes keer per jaar in vergadering bijeen. 

Wanneer het nodig is, worden en extra vergaderingen belegd.  Contact tussen de voorzitter, de penningmeester en de directeur is op frequenter basis. Het stichtingsbestuur bestaat uit:

Stichting Museum Elburg wordt ondersteund door een zeer actieve vereniging vrienden: Verenging Vrienden van het Museum Elburg. Ook dit bestuur komt zes keer per jaar bijeen.  Het bestuur wordt gevormd door: 

Twee keer per jaar komen de beide besturen samen om te praten over de koers van het museum en hoe de Vereniging Vrienden het museum vooruit kan helpen.  De meeste bestuursleden, zowel van het stichtingsbestuur als van het vriendenbestuur zijn ook als vrijwilliger actief in het museum, zodat ze goed weten wat er speelt.  De Vereniging Vrienden heeft andere bronnen van inkomsten en weet met allerlei acties gelden te genereren.  Die gelden komen in de vorm van het financieren van projecten terecht bij Museum Elburg.  De Vereniging Vrienden ondersteund maar neemt zelf ook allerlei initiatieven, zoals bijvoorbeeld een cursus Middelnederlands in Museum Elburg of het laten maken van unieke producten voor de museumwinkel. 

Het idee achter deze organisatiestructuur is dat ieder bestuurslid en zoveel mogelijk leden van het bestuur van de Vereniging Vrienden actief zijn in een of meerdere werkgroepen.  Dit om de betrokkenheid van bestuursleden bij de organisatie te vergroten en om bestuursleden en vrijwilligers meer met elkaar in contact te laten komen.  De druk op de organisatie wordt zo over meer schouders verdeeld en op te vullen taken kunnen door vrijwilligers worden ingevuld.  Door bij de vrijwilligers inzichtelijk te maken welke groepen er allemaal zijn, is beter een appèl te doen op hun inzet. Met de vrijwilligers is er een enorm potentieel aan kennis en kunde in huis en die wordt nu beter benut dan wanneer je mensen alleen inzet voor een baliedienst.